Quốc lộ 10 và sông Vạc chia thị trấn Phát Diệm làm 4 phần cân xứng ở 4 phía của ngã tư sông Vạc và sông Ân tạo ra hệ thống giao thông thủy và bộ rất thuận lợi.

Chợ Nam Dân Phát Diệm là một trong 5 chợ lớn nhất ở Ninh Bình. Chợ Nam Dân là chợ lớn thứ 3 ở Ninh Bình (chỉ sau chợ Rồng ở thành phố Ninh Bình và chợ Đồng Giao ở thành phố Tam Điệp), điều đặc biệt ở đây là nơi hội tụ các sản phẩm buôn bán đặc trưng như chiếu cói, rượu Kim Sơn, gạo tám, nếp, dự... Tại đây còn có cảng than, cảng cá Kim Sơn.

Năm 2008, tổng giá trị sản xuất thị trấn đạt 72,3 tỷ. Tốc độ tăng trưởng bình quân 16% so với năm 2007. Ngành thương mại - dịch vụ chiếm chủ đạo trong cơ cấu kinh tế của thị trấn với 94%, Công nghiệp, TTCN chiếm 5,1%, Nông nghiệp chiếm 0,9%.